Veliteľstvo vzdušných síl vzniklo z bývalého 3. zboru Letectva a PVO 1. januára 2000, čím sa zrealizovala jedna z úloh reformného procesu rezortu obrany. Bola vytvorená nová organizačná štruktúra veliteľstva, podľa vzoru armád NATO a zároveň vypracované základné dokumenty potrebné pre činnosť veliteľstva. Do funkcie veliteľa vzdušných síl bol ustanovený plk. gšt. Ing. Jozef Dunaj, ktorý bol 1.septembra 2000 vymenovaný do hodnosti generálmajor. 1. novembra roku 2005 bol do funkcie veliteľa vzdušných síl ustanovený brigádny generál Ing. Juraj Baránek, ktorý bol 1. januára 2007 povýšený do hodnosti generálmajor.
Hlavne ulohy
Veliteľstvo plní v jednotlivých oblastiach najmä tieto úlohy:
- velí zväzkom a útvarom vzdušných síl;
- zabezpečuje realizáciu úloh stanovených v zákone č. 321/2002 Z. z. o ozbrojených silách Slovenskej republiky (ďalej len "ozbrojené sily") § 4 ods.1 až 6;
- podľa rozkazov náčelníka Generálneho štábu realizuje plnenie úloh a opatrení na zabezpečenie nepretržitej obrany nedotknuteľnosti vzdušného priestoru Slovenskej republiky. Organizuje a kontroluje činnosť síl a prostriedkov začlenených do pohotovostného systému vzdušných síl ozbrojených síl Slovenskej republiky (ďalej len "pohotovostný systém");
- podieľa sa na spracovaní a aktualizácii plánov použitia ozbrojených síl;
- podieľa sa na plánovaní a riadení operácií podľa doktríny pre plánovanie a vedenie spoločných operácií (SVD 30);
- vypracováva podklady na spracovanie programových zámerov programových manažérov a predkladá ich generálnemu štábu;
- rozpracováva požiadavky obrannej štandardizácie na interoperabilitu do podkladov na spracovanie programových zámerov za zväzky a útvary vzdušných síl a predkladá ich generálnemu štábu;
- realizuje úlohy obrannej štandardizácie vo svojej pôsobnosti;
- realizuje plnenie partnerských cieľov, návrhov a cieľov síl vo svojej pôsobnosti;
- spracováva plánovacie dokumenty na realizáciu úloh vo vzdušných silách;
- vytvára funkčný systém kontroly a vykonáva kontrolnú činnosť vo vzdušných silách vo svojej pôsobnosti;
- organizuje velenie a zabezpečuje spojenie, šifrovú, spisovú a archívnu službu;
- organizuje a realizuje úlohy vo výstavbe a prevádzke automatizovaných informačných systémov vzdušných síl;
- zabezpečuje automatizáciu velenia a podieľa sa na jej rozvoji;
- zabezpečuje dodržiavanie pridelených frekvencií vzdušným silám počas prevádzky technických zariadení;
- zabezpečuje informačné systémy a administratívnu bezpečnosť vo vzdušných silách;
- zabezpečuje ochranu utajovaných skutočností vo vzdušných silách;
- zodpovedá za vzdušný prieskum a meteorologické zabezpečenie v ozbrojených silách;
- zodpovedá za topografické a geodetické zabezpečenie vo vzdušných silách;
- zabezpečuje dodržiavanie zákonnosti a ochranu majetku vojenskej správy;
- zabezpečuje plnenie úloh v oblasti obrannej infraštruktúry;
- usmerňuje právnu službu vo vzdušných silách, podieľa sa na riešení sťažností, oznámení, podnetov a petícií vo vzdušných silách;
- kontroluje a analyzuje stav disciplíny a morálny stav vo vzdušných silách, realizuje opatrenia na ich zlepšenie;
- organizuje a usmerňuje výkon dozornej a strážnej služby vo vzdušných silách;
- zodpovedá za duchovnú a náboženskú službu vo vzdušných silách.